Sciences - Bioinformatique

www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery :
Renvois vers le système ENTREZ qui est un système global de recherche inter-bases de données. Ce n'est pas une banque de données mais une interface qui permet d'accéder à des bases de données.
Apprendre à se servir du système ENTREZ

www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html :
Renvois au MeSH (=Medical Subject Heading)

http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/online/server :
C'est un bon outil d'alignement de séquences et de phylogénie disponible sur Internet.

http://au.expasy.org/sprot :
Site de la swiss prot, où il est possible d'utiliser le logiciel SRS (http://au.expasy.org/srs). Le système SRS est du même type que le système ENTREZ mais bien que moins facile d'accès pour un débutant, il permet d'obtenir de meilleurs résultats s'il est mieux maitrisé.

www.ebi.ac.uk/embl :
Site de l'EMBL, où il est possible d'utiliser le logiciel SRS (http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+query+-libList+EMBL).

www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html :
Pour pouvoir utiliser le logiciel ClustalW. Il permet de faire de l'alignement global.
Dans la fenêtre " Enter or paste a set of sequences in any supported format: " coller les séquences que vous voulez aligner.

http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=needle :
Permet de faire de l'alignement de séquence en utilisant l'algorithme de Needleman et Wunsch (alignement global).

http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=water :
Permet de faire de l'alignement de séquence en utilisant l'algorithme de Smith et Waterman (alignement local).

http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=select&pgm=fa :
Permet de faire un Fasta d'une séquence contre les principales banques.

www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/ssmstart.html
Site pour le calcul du RMSD. Le RMSD est une distance en angström. Un résultat de 2A est très proche. C'est mathématiquement : RMSD = √((x1 - x2)² + (y1 - y2)² + (z1 - z2)²)

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Site pour faire des blast de nucléotide ou de protéines.

Utilisation de RASMOL

www.molinspiration.com
Site qui permet de générer une molécule à partir d'un code SMILE. Permet aussi de dessiner une molécule : http://molecular-properties.com:9080/mi/webme.html et d'en donner le code SMILE.